风冷的以风作为冷却介质，直接用风来冷却柴油发电机，水冷的以水作为冷却介质，然后再通过散热水箱和风扇来散热，两者功能上都是把热量散发在空气中，对于使用上没有太大的区别，水冷在高原使用时水的沸点降低，高寒的地方在停机时容易冻结，但可以通过加入一定比例的添加剂来改善沸点和冰点，此外水的传热性能比较好。其实两者在使用上基本上没有环境条件的限制。只是风冷适用于高原或缺水或寒冷的地方，可以不必考虑加水、沸点、冻结等方面的问题；
柴油发电机的热量主要是来自工作时发电机定子线圈内阻产生的热量。任何电源都有内阻，输出电流越大的电源，内阻就越小。内阻可以看做串联在电路中的一个负载，根据功率公式P=I^2R,即功率与电流的平方成正比，与电阻成正比。只要发电机处在发电输出状态，它的内阻就会消耗一部分功率，并以热的形式表现出来。
风冷机组大的优势就是结构简单、利于维护、故障率低、启动性能好，所需空气量少，更易实现封闭，热，风扇消耗功率低，油耗也较低，没有冻裂或过热沸腾危险，但受到热负荷和机械负荷限制，功率一般都比较小。