热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是均匀。淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能全面、快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
全水浸泡杀菌,两台杀菌釜同时使用一罐热水工作,一釜内的食品处理完后, 当另一釜在工作时可先将高温处理水注入热水罐内,减少处理水和热量的损耗,减少等待时间,比双层杀菌釜提高一倍产能。
主要全自动杀菌锅有很多种，在我国传统的高温杀菌一般采用水浴式杀菌和蒸气杀菌即我们常说的水杀和汽杀两种杀菌方式，上个世纪九十年代开始为了满足软包装等特殊的产品生产要求，开始从日本引进双层杀菌锅即日式杀菌锅，新世纪伊始，西班牙、德国、法国等欧洲国家为了节约能源和水资源，推出一种带热交换器的水淋式杀菌锅，特别是法国采用的锅内蒸气循环系统，以达到高温节能、短时、节约水资源等目的。