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扫描电镜具有较高的放大倍数，通常在20至20万倍之间连续可调。
扫描电镜的分辨率高，表面扫描二次电子成像的分辨率已经达到100埃级别。

三维形貌重建技术是扫描电镜在近年来发展的一个重要方向，可以获取样品的三维形貌信息。
扫描电镜的样品制备过程至关重要，不同的样品需要采用不同的制备方法。

扫描电镜的非破坏性测试特点使其适用于各种物质、复杂的生物组织和细胞的观察。
扫描电镜的透射束扫描方式具有高通量、高亮度、高稳定性的优点。