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有害生物防制员要知道控制的有害生物属于哪一类，主要识别的依据是什么。要准确鉴定物种有很好的生物分类学的基础知识，特别是昆虫分类学的基础。对于有害生物防制员来讲，不要求系统地掌握生物分类学的基础理论，主要是根据一些外部形态特征、发生的环境等来判别是属于哪一类有害生物或是哪一种有害生物即可。
一般生物的分类，别叫做“界”，例如动物界。界下边是“门”，再下依次为“纲”“目”“科”“属”和“种”。例如，昆虫属于：动物界，节肢动物门，昆虫纲。昆虫纲的生物主要特征为：身体分为头、胸、腹3段，在胸上有3对足，一般具有2对翅(有些从表面上看退化为1对翅)和1对触角。蜱螨类具有4对足，身体一般分为2节，很容易与昆虫区分开来。鼠类有2对足，不是节肢动物，和昆虫、蜱螨类是完全不同的。

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1.农田、园林和草场
农田、园林和草场的有害生物种类繁多，有的危害非常严重。其中多数情况已纳入植物保护范畴，通常由农业系统的植保人员治理，与有害生物防制员无直接关系。但在某些情况下，需要协同工作。
2.建筑
对建筑的危害可以分为直接危害和间接危害个方面。如白蚁可以破坏木质结构的设施，普通的蚂蚁可以破坏堤坝，红火蚁甚至可以破坏电器；鼠类对建筑、电器、通信、交通等方面有时可造成严重危害，洪涝期间的堤坝管涌有时与鼠洞有关。
3.仓储
仓储害虫的种类是比较多的，除了减少储粮外还会对粮食造成污染。世界上有几百种仓储害虫，中国也有几十种之多。常见的有三大类：甲虫螨和类、鼠类。其他如谷盗类、玉米象、谷蠢、绿豆象、豌豆象麦，谷象等均是仓储害虫

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除鼠类外，常见的有害生物多数属于昆虫纲和蛛形纲。昆虫纲可以分为33个目(不同的分类系统总的目数会有些差异)，其中与有害生物防制员这个行业相关密切的有双翅目(如家)、蜚蠊目(如德国小蠊)、蚤目(如跳蚤)、虱目(如体虱)、半翅目(如臭虫)、膜翅目(如蚂蚁)等。如图22所示为常见的有害生物。对于有害生物的识别，多数是利用体表的形态结构特征，有时利用内外生殖器的特征。一般分目主要是利用翅、足、口器(就是害虫的口)、体节、触角等的形态特征，些重要的昆虫生态学特征参见表22。

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苍蝇类后翅膀化为用于飞行时掌握平衡的平衡棒；有些翅的质地发生了很大变化，例如一些甲虫前翅骨化程度很高，功能上是为了保护后翅；虱类、跳蚤等为了适应生活的环境，翅发生了退化。昆虫的口器为了适应不同的取食环境也进化出几种类型，如蛋的口器是一种典的用于咀嚼食物的称为咀嚼式口器；家蝇的口器主要是为了适应吸食物，称为舐吸式口器；蚊虫、虱类、蚤类的口器主要目的是为了吸血，称为刺吸式口器昆虫的足也发生了不同形式的进化，跳蚤的后足弹跳力很强，称为跳跃足。虱类的足粗短适于攀登，称为攀缘足。

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在分类学上，脊椎动物共分哺乳纲、鸟纲、爬行纲、两栖纲、鱼纲和无腭纲。属于脊椎动物的有害生物，基本上在哺乳纲，尤其是啮齿目和兔形目，少数为食虫目。哺乳纲动物即通常所称的兽类，其分类特征是体型及其大小、身体各部位的比例、毛色、头骨和牙齿的结构以及其他的骨骼形态等。和昆虫纲一样，目以下的分类，也为科、属、种。
1.啮齿目
鼠类是啮齿目动物，其形态特征是：指、趾具爪，前肢不呈翼状，若肢间有飞膜，其指正常，且指间无翼膜；体被毛或刺；门齿强大，凿状，无犬齿：上门齿1对。牙齿形状是区分啮齿与兔形目、食虫日以及食肉目动物的主要特征。
2.兔形日
其形态特征与啮齿日主要区别是：上门齿有2对，且前后重叠排列。
3.食虫目
体型大小与鼠类近似，其主要形态特征是：指、趾具爪前肢不呈翼状：体被毛或刺：门齿不呈潜状，有犬齿：中央门齿大于其余门齿，多数也大于犬齿：体型似鼠，尾毛短而稀，鼻吻部延长，明显超过下唇4.食肉目
在食肉目动物中，有的体型与鼠类近似(如类)，相互区分的主要特征是鼬类有犬齿，发达：中央门齿小于两侧门齿与犬齿。鼠类则均无犬齿

蝇类属完全变态昆虫，生活史主要经历卵、幼虫(共3龄)、蛹、成虫4种虫态。大多数蝇类是卵生，但是也有少数种类例外，例如有些种类的麻蝇和一些家蝇科的种类胎生，直接产幼虫，舍蝇和蛹蝇组的种类产成熟的幼虫，幼虫产出后很快就会进入蛹期。家蝇以人类食品及废弃物为食，并以此传播各种疾病。除家蝇之外，还有许多种类的苍蝇也适于生活在人类的居住环境中，在这些环境中它们同样会导致类似的问题在眼疾扩散中，通常认为与家蝇有很大关系。肠胃传染病的传播与丽蝇及其他苍蝇有很大联系。