与普通生活污水相比，医疗污水的排放更加复杂。医疗污水来源和成分复杂，含有病原微生物、有毒有害的理化污染物和放射性污染，具有空间污染、急性感染和潜伏感染的特点。如果得不到有效的治疗，它将成为流行病传播的重要途径，并严重污染环境。
实验室污水处理流程大致分为三个主要步骤，包括预处理，主要处理和二次处理。
1、是预处理，它旨在去除进入处理过程的大颗粒物和沉淀物。这些物质通常来自于实验室中的悬浮固体物质，比如细胞，细菌等。预处理可以采用镜像过滤，离心等方式。
2、是主要处理，主要处理的目标是去除水中的有机物质、氮和磷盐等污染物。这一步骤的实现通常采用生物处理方式，也就是通过微生物将污染物质分解掉，通常会使用生物滤池或污泥法系统来处理。
3、是二次处理，其目的是去除在主要处理中没有被去除的残余污染物，这需要进一步处理。例如，用深度过滤技术将污染物在化学过滤和膜过滤中去除。
医疗污水处理工艺选择的原则：
a、传染病医院采用二级处理，并需进行预消毒处理。
b、处理出水排入自然水体的县及县以上医院采用二级处理。
c、处理出水排入城市下水道的综合医院推荐采用二级处理，对采用处理工艺的加强处理效果。
d、对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的处理。
实验室废水处理的优势：
(1)处理系统易管理，稳定可靠，系统出水稳定在国标标准以内；
(2)自动化程度高，节省人工成本；
(3)结合污水量大小，机动灵活，可单个使用，也可多个联合使用；
(4)根据场地灵活选用设备类型，可地埋，节省场地且可绿化；
(5)能够处理生活系统综合性废水及其相类似的有机污水；
(6)采用玻璃钢、碳钢防腐、不锈钢结构，具有耐腐蚀、等优良特性，使用寿命长达20年以上。
实验室废水处理设备的调试工作：
调试前检查工作：
1、空转点开点关风机、水泵转动运转情况，电控柜元件运作可靠性。
2、检查设备间风机的润滑机油加注情况。
3、检查内、外部管路连接牢固情况。
4、检查内、外部电路连接情况。
5、地埋式一体化污水处理设备内注入污水，检查各管路连接处有无渗漏情况.
6、启动风机，检查生活污水装置所有设备运转情况，有无异常震动、噪音等。
调试步骤：
1、清水注满接触生化池。
2、启动风机，对池内污水进行曝气充氧。
3、重新进水，继续曝气。
4、如此反复运行，每天进水时间相对延长。
5、同时也可观察接触生物池内填料情况。
6、微生物的驯化需要较长时间，这样可加快生物膜的形成。