树脂在使用过程中应防止悬浮物、有机物及油类等的污染，同时又要防止某些废水对树脂的剧烈氧化作用。因此，酸性氧化废水进入阴树脂前应去除重金属离子，以防止重金属对树脂的催化作用。每次设备运行完毕后应将交换柱中废水排回废水池，代之以自来水或净化水浸泡。树脂饱和后要及时再生，再生后不宜长期在原液中浸泡停放，应及时淋洗干净。
正常运行状态下的树脂，在失效过程中，树脂颗粒会产生膨胀或收缩的内应力。树脂在长期的使用中，多次反复膨胀和收缩，是造成树脂颗粒发 生裂纹或破碎的主要原因。树脂膨胀与收缩的速度取决于树脂转型的速度，而转型的速度又取决于进水的盐类浓度和流速。
离子交换树脂在使用前，对其进行预处理。有的不进行预处理，而有的处理方法不当或处理程序不完善，达不到树脂预处理的目的，大大降低了树脂的使用寿命，严重的可造成树脂结构破坏而报废。