利用凝胶网状结构， 根据分子大小和形状差异进行分离的一种方法。当样品进入凝胶柱后，较大分子不能通过孔道进入凝胶柱体内， 而与流动相一起流出层析柱，而小分子则渗入凝胶内。它具有分离条件温和，产品收率高，生物活性好，分离面宽等优点，广泛用于多肽物质的分离纯化中。采用凝胶过滤色谱法分离分子量<1 200 da 的小肽。 进行分离收集分子量<1 200 da 的肽段，根据后蛋白含量数据， 分离得到的小肽居多，分离效果较好。通过柱层析分离出的分子量<1 200 da 的肽可以进一步采用液相制备色谱分离以获得更高纯度的肽产品。
牡蛎肽是以新鲜牡蛎肉为原料，经酶解、分离、精制和干燥等加工过程而制得的相对分子量在1000Dalton的左右小分子分子低聚肽。牡蛎肽是由2~6个氨基酸组成的，相对分子量200~1000之间。因此，牡蛎肽可不经消化快速被人体吸收。牡蛎肽不仅含有丰富的蛋白质、维生素、比例合适的微量元素和牛磺酸，而且还含有海洋生物所有的多种营养成分，以及低聚肽具有较高的生物功能。
牡蛎肽与原蛋白（牡蛎蛋白）相比，两者功能大不相同。，牡蛎肽具有活性高，在微量和低浓度的情况下，都能发挥其特的生理作用；其次，分子量小，不需消化，直接吸收：体外消化试验表明：经胃蛋白酶和胰蛋白酶处理后，超过90以上牡蛎肽未被消化，说明在体内大部分将以多肽的形式被直接吸收。
牡蛎肽的主要成分是牡蛎，俗称海蛎子、蚝，是我国沿海盛产并可大量养殖的一种贝类，国外更多，生蚝是传统滋补品，据《本草纲目》记载：“生蚝，治虚损，，，补男女气血，令肌肤细嫩，防衰老。”主要成分糖原能迅速补充恢复体力，并可以提高机体力。
牡蛎肉中富含多种矿物质及微量元素，其中钙含量为40-94.04mg/g，铁为5.50-8.00 mg/g，硒为49.00 mg/g，锌为22.54 mg/g。牡蛎肉（干品）提取物中牛磺酸含量为50.6 mg/g，其含量远蛤、鱿鱼、海参等其它海产品。