认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
GMP要求在机构、人员、厂房、设施设备、卫生、验证、文件、生产管理、质量管理、产品销售与回收、投诉与不良反应、自检等方面都制订系统的、规范化的规程。
通过执行GMP这一系列的规程，藉以达到一个共同的目的：
--防止不同食物或其成份之间发生混杂；
--防止由其它食物或其它物质带来的交叉污染；
--防止差错与计量传递和信息传递失真；
--防止遗漏任何生和检验步骤的事故发生；
--防止任意操作及不执行标准与低限投料等违章违法事故发生；
GMP的中心指导思想是：食品质量是在生产过程中形成的，而不是检验出来的。因此强调预防为主，在生产过程中建立质量体系，实行全面质量，确保食品质量。