只要冷藏集装箱通电，集装箱内的空气可以冷却、加热或通风。陆上运输时，为了向冷藏集装箱的制冷装置持续供电，应使用带发电机的底盘卡车进行运输。通常，冷藏集装箱由码头堆场的陆上电源、集装箱船上的船舶电源和铁路上的发电机组供电。
在冷藏装置的操作期间，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度，货物温度，通风装置新鲜空气的数量以及货物的湿度等。制冷装置会定期进入除霜状态，由一系列的电加热装置产生热量或者向蒸发器盘管吹入热气。所有的风扇在此时会停止转动以防热气进入货舱。然而， 由于回风温度感应器位置接近制冷装置，此种温度升高可能会被记录下来。因此，除非经数据记录软件处理，否则温度记录将会呈现与除霜间隔时间一致的周期性温度升高。如果除霜期间短暂，每小时的温度读数和除霜期间可能会有一定出入。
通常，冷藏货物可以分成两种：冷藏和冷冻
许多冷藏货物（例如水果）被视为是“活性（live）”货物，因为其在采摘过后仍然能够进行呼吸并且由于自热、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他条件而容易腐烂。然而，其它商品比如冷藏肉/鱼类和奶酪则并非如此。水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。