从概念来说：
手机网站：全兼容手机、ipad等触屏设备，可实现多级导航、多维产品展示以及网站数据同步、自动更新等功能。（WEB端适合手机的网站）
APP：基于IOS和Android系统进行开发，提供品牌专属APP设计。 就是可以在智能手机上运行的第三方手机应用程序软件
原生App
1 每一种移动操作系统都需要立的开发项目
2 每种平台都需要立的开发语言。Java(Android), Objective-C(iOS)以及Visual C++(Windows Mobile)等等
3 需要使用各自的软件开发包，开发工具以及各自的控件
移动Web App
1 因为运行在移动设备的浏览器上，所以只需要一个开发项目
2 这种应用可以使用HTML5,CSS3以及JavaScript以及服务器端语言来完成（PHP,Ruby on Rails,Python）
3 这里可没有标准的SDK，基本任意选择别忘了有一些跨平台的开发工具，比如PhoneGap, Sencha Touch 2，APPcan以及Appcelerator Titanium等等。
功能方面
原生App
1 能够与移动硬件设备的底层功能，比如个人信息，摄像头以及重力加速器等等
移动Web App
2 只能使用有限的移动硬件设备功能。