SEM+EDS可以用于研究环境污染物质对生物体（如鱼类、昆虫等）的毒害作用及其机制。通过观察生物体在不同污染环境下的形貌变化和元素分布情况，可以深入探究环境污染物质对生物体的毒害作用及其与环境因素的相互作用。
质量控制：在航空航天领域，质量控制是非常重要的环节。SEM+EDS可以用于检测和识别制造过程中的缺陷和问题。例如，对于航空器的零部件，SEM可以观察到表面的微观结构和缺陷，而EDS可以分析元素分布和化学成分。这有助于确保产品的质量和安全性。
SEM可以用于观察化石和古生物标本的表面形貌和内部结构，如恐龙、猛犸象等。EDS可以用于分析古生物标本中的元素组成，有助于了解古生物的食性、生活环境和演化历程。