能直接或间接为作物提供多种营养和刺激性物质，促进和调控作物生长。生物有机肥提高土壤孔隙度、通透交换性及植物成活率、增加有益菌和土壤微生物及种群。
1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为的分析。
生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。