初步分解后，粪便流入第二室，而漂浮的粪便和一些沉积物保留在室中以进行进一步发酵。第二种情况是粪便会继续发酵分解，然后病原体会逐渐死亡，粪便会进一步分解。但是这时粪便和残渣的厚度与之前相比会有显著降低。
而流入第三室的粪便里的病原体与寄生虫卵基本就被杀死，第三室的功能主要是暂时储存和存放基本无害的粪便。
玻璃钢化粪池产品定位放线应根据工程设计图确定，按所选型号可参考所给尺寸开挖基坑。基坑开挖到预定标高时，地步灰土垫层夯实，地基承载力不引低于100KN/㎡，在采用黄砂厚500mm-100mm作垫层，剔除砂中夹带的较大的砖石或哽杂物，并找平密实，准备整体型化粪池安装就位。
玻璃钢化粪池组合安装或有地下水且基土土质很差时，要铺厚100mm的卵石或碎石夯实，基上设置100mm-300mmC1O级混凝土垫层，混凝土垫层上铺100mm砂垫层，罐体两侧用素土填实。