紫外线杀菌消毒原理是利用适当波长的紫外线能够破坏微生物机体细胞中 的 DNA( 脱氧核糖核酸 )或 RNA( 核糖核酸 )的分子结构，造成生长性细胞死亡和(或)再生性细胞死亡，达到杀菌消毒的效果。经试验，紫外线杀菌的有效波长范围可分为四个不同的波段： UVA（400～315nm）、UVB（ 315～280nm）、UVC（280～200nm）和真空紫外线（ 200～ 100nm）。其中能透过臭氧保护层和云层到达地球 表面的只有 UVA 和 UVB 部分。就杀菌速度而言，UVC 处于微生物吸收峰范围之内，可在 1s 之内通过破坏微生物的 DNA 结构杀死病毒和细菌， 而 UVA 和 UVB 由于处于微生物吸收峰范围之外，杀菌速度很慢，往往需要数小时才能起到杀菌作用，在实际工程的数秒钟水力停留（照射）时间内，该部分实际上属于无效紫外部分。真空紫外光穿透能力极弱，灯管和套管需要采用透光率的石英，一般用半导体行业降解水中的TOC，不用于杀菌消毒。因此，给排水工程中所说 的紫外光消毒实际上就是指UVC 消毒。紫外光消毒技术是基于现代防疫学、医学和光动力学的基础上，利用特殊设计的率、高强度和命的UVC 波段紫外光照射流水，将水中各种细菌、病毒、寄生虫、水藻以及其他病原体直接杀死，达到消毒的目的。
紫外线消毒器杀菌在水处理的应用
紫外线消毒器在水处理中的应用已经有几十年的历史。但是由于其技术复杂，成本昂贵，使其应用受到限制。但是如今国外的紫外线消毒器技术已经得到了广泛的应用，取缔了传统的氯化紫外线消毒器，而且价格低于传统氯化紫外线消毒器。
紫外线消毒器杀菌灯实际上是属于一种低压汞灯。低压汞灯是利用较低汞蒸汽压(<10-2Pa)被激化而发出紫外光，其发光谱线主要有两条：一条是253.7nm波长;另一条是185nm波长，这两条都是肉眼看不见的紫外线消毒器。
在水产养殖和观赏鱼养殖领域，利用紫外线消毒器杀菌得到了越来越广泛的应用。而在水产、水族养殖领域，通常会遇到两个问题：1、水中水藻的繁殖2、鱼类疾病。
绝大多数的水藻及引起鱼类疾病的细菌病紫外线消毒器在强紫外线消毒器照射下数秒内即可死亡解体，所以这两个问题都可以通过紫外线消毒器杀菌方法得到妥善解决
紫外线消毒器杀菌原理
紫外线杀菌装置工作原理与日光灯类似，只是灯管内部不涂荧光物质，灯管材质采用紫外线穿透率高的石英玻璃为保护外管，并利用核酸对低压水银放电灯的人工波长为254nm的紫外线有吸收值时，破坏细菌与病毒核酸(DNA)的生命遗传物质，与分子内产生激烈的化学变化使其无法繁殖。