科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部
对出口创汇达到1亿美元的外贸公司有关部门也将授予其对外承包工程和劳务合作经营权。
对设计院在国外承担过重要工程项目并持有建设部颁发的勘察设计监理证书和勘察设计院，并已在外开展1—2个经营项目，将授予其相应的勘察、设计、咨询和监理等对外经营权。
在收到各地方、部门申报文件后，提出初审意见告国家经贸委和外经贸部。国家经贸委对部门及地方申报的企业进行审查，将符合条件的企业的审查意见送外经贸部，由外经贸部予以审核批复。