老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
荔枝树树体高大，百多年生的树高16.0米以上，树冠直径15.0米以上，主干粗大。树皮粗糙成微龟裂状，但较龙眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20～30厘米，徒长枝长达60～100厘米。末次梢营养充足生长良好，次年能抽穗开花者，称为结果母枝。
由结果母枝抽出的能开花结果的枝条称结果枝。荔枝的花芽是混合芽。当花穗发育过程遇高温时，抽出带叶花序的结果枝；当花穗发育过程遇低温时，抽出不带叶的纯花序，结果枝不明显，变成花序的主轴。
荔枝枝梢的特性因品种而异。禾荔的枝条密而短；大造、水东疏而长；桂味硬而脆。荔枝新梢黄绿色，表皮着生许多灰白色的圆形或椭圆形的斑点；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝条颜色较深。
荔枝为聚伞花序，圆锥状排列。花穗由主穗、侧穗、支穗及花组构成。主穗基部（龙头桠）及叶腋处还抽生若干腋侧穗。